第69章 卷六十五·南·宋武帝纪（上）
刘裕被尊称为高祖武皇帝，他字德舆，小名寄奴，出生在彭城县绥舆里。他是汉高祖刘邦的弟弟楚元王刘交的后代。刘交的儿子是红懿侯刘富，刘富之子为宗正刘辟强，刘辟强生下阳城缪侯刘德，刘德的儿子是阳城节侯刘安民，刘安民之子阳城釐侯刘庆忌，刘庆忌又生阳城肃侯刘岑，刘岑之子为宗正刘平，刘平的儿子担任东武城令，东武城令之子是东莱太守刘景，刘景之子刘洽精通经术，刘洽做了博士，刘洽的儿子刘弘担任琅邪都尉，刘弘之子刘悝任魏定襄太守，刘悝之子刘亮做邪城令，刘亮的儿子刘膺在晋朝担任北平太守，刘膺之子刘熙任相国掾，刘熙之子刘旭孙做开封令。到刘旭孙之子刘混这一代，开始渡过长江，居住在晋陵郡丹徒县的京口里，刘混的官职做到武原令。刘混之子是东安太守刘靖，刘靖的儿子刘翘担任郡功曹，刘翘就是刘裕的父亲。刘裕出生于晋哀帝兴宁元年，也就是癸亥年三月壬寅的夜晚。刘裕长大后，身高七尺六寸，气质风度非同一般。他出身贫寒，却有着远大志向，不拘泥于小节。刘裕侍奉继母非常孝顺恭谨，因而受到人们称赞。
刘裕最初担任冠军将军孙无终的司马。安帝隆安三年十一月，妖贼孙恩在会稽发动叛乱，晋朝的卫将军谢琰、前将军刘牢之奉命向东讨伐。刘牢之邀请刘裕参与府中军事事务。十二月，刘牢之抵达吴地，当时贼军沿途屯兵集结，刘牢之命令刘裕带领几十个人去侦察贼军的远近情况。正巧碰上数千贼军到来，刘裕当即便迎上去与贼军交战。他所带领的人大多战死，但刘裕战斗意志却更加高涨，手持长刀奋勇杀敌，杀伤了很多贼军。刘牢之的儿子刘敬宣担心刘裕耽搁太久，害怕他被贼军围困，就率领轻骑兵前去寻找。随后众多骑兵一同赶到，贼军这才退逃，他们斩杀俘获贼军一千多人，刘裕率军乘胜追击，平定了山阴，孙恩逃回海上。四年五月，孙恩再次进犯会稽，杀死了卫将军谢琰。十一月，刘牢之再次率领众人东征，孙恩退走。刘牢之驻扎在上虞，派刘裕戍守句章城。句章城既低矮又狭小，城中战士不足几百人。刘裕常常身披铠甲、手持兵器，身先士卒，每次作战都冲锋陷阵，贼军于是退回到浃口。当时东伐的各位将领，治军没有纪律，士兵们残暴抢掠，百姓深受其苦。只有刘裕法令严明，军队所到之处，百姓无不亲近信赖。
隆安五年春天，孙恩频繁攻打句章城，刘裕多次挫败并击败了他，孙恩再次逃入海中。三月，孙恩向北逃窜到海盐，刘裕追击并紧跟其后，在海盐原来的治所修筑城池。贼军每天都来攻城，城中兵力十分薄弱，刘裕于是挑选了几百名敢死之士，让他们都脱掉铠甲，手持短兵器，一同击鼓呐喊着冲出去。贼军震惊恐惧，士气大减，刘裕趁着他们恐惧之时发起猛攻，贼军纷纷丢弃铠甲四散逃走，刘裕斩杀了贼军的大帅姚盛。虽然接连取得胜利，但双方兵力悬殊，刘裕对此深感忧虑。一天夜里，刘裕放倒军旗，隐藏起士兵，装作已经逃走的样子。第二天清晨打开城门，让几个瘦弱有病的士兵登上城墙。贼军远远地询问刘裕在哪里，城上的人回答说：“夜里已经逃走了。”贼军信以为真，于是率领众人蜂拥而上。刘裕趁着他们懈怠之时，奋勇出击，大败贼军。孙恩知道这座城无法攻克，就进军前往沪渎。刘裕又放弃城池追击他。海盐县令鲍陋派儿子鲍嗣之带领一千吴地士兵，请求担任前锋。刘裕说：“贼军兵力精锐，吴地的人不熟悉作战。如果前锋失利，必定会使我军失败，你们可以在后面作为声援。”鲍嗣之没有听从。这天夜里，刘裕设下多处伏兵，还布置了旗帜和战鼓，但每处伏兵不过几个人。第二天，贼军率领一万多人迎战。前锋交战后，各处伏兵都冲了出来，高举旗帜，擂响战鼓。贼军以为四面都有刘裕的军队，于是后退。鲍嗣之追击逃跑的贼军，却被贼军杀害。刘裕边战边退，贼军势力强盛，他所带领的士兵死伤殆尽。刘裕担心难以逃脱，退到先前设伏的地方，就停了下来，命令身边的人脱下死人的衣服。贼军以为刘裕等人应当逃走却反而停下，怀疑还有伏兵。刘裕趁机呼喊着再次战斗，神色气势十分勇猛，贼军信以为真，就带领军队离开了。刘裕慢慢撤回，随后逃散的士兵才逐渐聚集起来。五月，孙恩攻破沪渎，杀死吴国内史袁山松，死者有四千人。当月，刘裕又在娄县击败贼军。六月，孙恩乘胜从海上进军，突然到达丹徒，他的战士有十多万人。刘牢之还驻扎在山阴，京都一片震动。刘裕日夜兼程，与贼军同时到达。当时刘裕兵力寡弱，再加上长途跋涉十分疲惫，而且丹徒的守军毫无斗志。孙恩率领数万人，击鼓呐喊着登上蒜山，当地居民都挑着担子站在一旁观看。刘裕率领部下奋勇攻击，大败贼军，贼军从山上滚落或投水而死的人很多。孙恩用盾牌载着自己，才勉强回到船上。虽然孙恩的军队被击败，但他仍仗着自己人多势众，直接向京师进发。他的楼船高大，却因遇上逆风无法前进，过了十天才到达白石。不久得知刘牢之已经返回，朝廷有了防备，于是逃向郁洲。八月，朝廷任命刘裕为建武将军、下邳太守，率领水军追击孙恩到郁洲，再次大败孙恩，孙恩向南逃窜。十一月，刘裕在沪渎和海盐追击孙恩，又击败了他。三次战斗，都大获全胜，俘获和斩杀的贼军数以万计。孙恩的军队从此遭遇饥荒和瘟疫，死亡大半，他从浃口逃奔到临海。
元兴元年正月，骠骑将军司马元显向西讨伐荆州刺史桓玄，桓玄也率领荆楚的大军东下讨伐司马元显。司马元显派镇北将军刘牢之抵御桓玄，刘裕参与军事事务，驻扎在溧洲。桓玄到达后，刘裕请求出击，刘牢之不允许，还打算派儿子刘敬宣到桓玄那里请求和解。刘裕和刘牢之的外甥东海人何无忌一起坚决劝谏，刘牢之没有听从。于是派刘敬宣去见桓玄，桓玄攻克了京都，杀死司马元显，任命刘牢之为会稽内史。刘牢之害怕，告诉刘裕说：“桓玄这是要夺我的兵权，大祸就要临头了。现在我想向北到广陵投奔高雅起事，你能跟我一起去吗？”刘裕回答说：“将军你拥有数万精兵，却望风投降。桓玄刚刚得志，声威震动天下。三军的人心都已经背离了，广陵哪里能去得到呢！我刘裕会换上平民的衣服回到京口。”刘牢之反叛逃走，最终上吊自杀。何无忌对刘裕说：“我该怎么办呢？”刘裕说：“镇北将军刘牢之离去必定不能免祸，你可以随我回京口。桓玄如果能遵守臣节，北面事奉朝廷，我就和你一起侍奉他。否则，就和你一起图谋对付他。现在正是桓玄伪装做作、施展权术的时候，他必定会重用我们这些人。”桓玄的堂兄桓修以抚军将军的身份镇守丹徒，任命刘裕为中兵参军，依旧担任军职和郡职。
孙恩自从兵败逃亡后，他的部众逐渐离散，他害怕被活捉，就在临海投水自杀。其余的人推举孙恩的妹夫卢循为首领。桓玄想暂且安定东部地区，就任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，但依然不断地侵扰劫掠。五月，桓玄又派刘裕东征。当时卢循从临海进入东阳。元兴二年正月，桓玄又派刘裕在东阳击败卢循。卢循逃到永嘉，刘裕又追击并打败了他，斩杀了卢循的大帅张士道，追击到晋安，卢循乘船渡海向南逃走。六月，朝廷加封刘裕为彭城内史。
桓玄做了楚王之后，图谋篡夺皇位。桓玄的堂兄卫将军桓谦屏退旁人后问刘裕说：“楚王功勋和德行崇高庄重，四海之人都诚心归附。从朝廷的情况来看，大家都认为应当有禅让的举动，你是怎么想的呢？”刘裕本来就立志要除掉桓玄，于是用谦卑的言辞回答说：“楚王是宣武公的儿子，功勋和德行举世无双。晋室衰微，民心早就转移了，趁着时机进行禅让，有什么不可以的呢！”桓谦高兴地说：“你认为可以，那应当就是真的可以了。”十二月，桓玄篡夺了皇位，把晋安帝迁到寻阳。桓修入朝，刘裕跟随他到了京城。桓玄见到刘裕后，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，他的风度气质不同寻常，大概是个人中豪杰。”每当游玩聚会的时候，桓玄总是热情地接待刘裕，赠送的赏赐也非常丰厚。但刘裕却更加厌恶桓玄。有人劝桓玄说：“刘裕走路如龙行虎步，看他的神态气度不同凡响，恐怕不会甘居人下，应该早点想办法对付他。”桓玄说：“我正想平定中原，除了刘裕没有可以托付大事的人。等关陇地区平定之后，再另外商议这件事吧。”桓玄于是下诏说：“刘裕以少数兵力制服众多敌人，多次挫败妖贼的锋芒，渡海穷追不舍，歼灭了贼军十分之八。各位将领奋力作战，大多受了重伤。从元帅以下到普通将士，都应该论功行赏，来表彰他们的功勋。”
在此之前，刘裕东征卢循，何无忌跟随他到了山阴，劝说刘裕在会稽起兵举义。刘裕认为桓玄还没有登上皇帝的最高位置，而且会稽距离较远，起事成功比较困难，等到桓玄篡逆的事情明显之后，再慢慢地在京口谋划对付他，就不用担心不能成功。到这时桓修返回京城，刘裕以伤口旧疾复发为由，不能步行跟随，就和何无忌同船一起返回，谋划兴复晋室的大计。于是，刘裕和弟弟刘道规、沛郡的刘毅、平昌的孟昶、任城的魏咏之、高平的檀凭之、琅邪的诸葛长民、太原的王元德、陇西的辛扈兴、东莞的童厚之等人，一同商议起义之事。当时桓修的弟弟桓弘担任征虏将军、青州刺史，镇守广陵。刘道规是桓弘的中兵参军，孟昶是州主簿。于是刘裕让刘毅秘密前往孟昶那里，在江北聚集人马，谋划起兵杀掉桓弘。诸葛长民是豫州刺史刁逵的左军府参军，谋划占据历阳作为响应。王元德、童厚之在京城谋划，聚集众人攻打桓玄，并且约定好日期同时发动。
元兴三年二月初一为己丑日，乙卯日，刘裕以出去打猎为借口，和何无忌等人聚集起义的人，参与谋划的有何无忌、魏咏之、魏咏之的弟弟魏欣之、魏顺之、檀凭之、檀凭之的侄子檀韶、檀韶的弟弟檀祗、檀隆、檀道济、檀道济的堂兄檀范之、刘裕的弟弟刘道怜、刘毅、刘毅的堂弟刘藩、孟昶、孟昶的同族弟弟孟怀玉、河内的向弥、管义之、陈留的周安穆、临淮的刘蔚、刘蔚的堂弟刘珪之、东莞的臧熹、臧熹的堂弟臧宝符、臧熹的侄子臧穆生、童茂宗、陈郡的周道民、渔阳的田演、谯国的范清等二十七人；愿意跟随起义的有一百多人。丙辰日，清晨，城门打开，何无忌穿着传达诏书的官员的衣服，假称有诏书走在前面。起义的众人骑马冲入城中，齐声大喊，官吏和士兵惊恐逃散，没有人敢反抗，他们当即斩杀了桓修并示众。刘裕哭得十分悲痛，隆重地为桓修入殓安葬。孟昶劝说桓弘在当天出去打猎。天还没亮就打开城门，放出打猎的人，孟昶、刘道规、刘毅等人率领五六十名壮士趁着城门打开直接冲了进去。桓弘正在喝粥，他们当即就斩杀了桓弘，接着收拢众人渡过长江。义军刚刚攻克京城的时候，桓修的司马刁弘率领文武官员前来。刘裕登上城墙对他们说：“郭江州已经在寻阳迎接皇帝恢复了皇位，我们都接到了秘密诏书，要诛灭叛逆的同党，今天正好会合。叛贼桓玄的首级，应该已经在大航枭首示众了。各位难道不是大晋的臣子吗，现在来这里想干什么呢？”刁弘等人相信了他的话，收拢众人退了回去。刘毅到达之后，刘裕下令诛杀了刁弘。
刘毅的兄长刘迈此前在京师，起义之事还未发动的前几天，刘裕派一同谋划的周安穆去通知他，让他做内应。刘迈表面上答应了，但内心十分震惊恐惧。周安穆见他惊慌害怕的样子，担心事情必定会泄露，于是急忙赶回。当时桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈不知所措，就上船准备前往郡中。这天夜里，桓玄给刘迈写信说：“北府那边的人心怎么样？你最近见到刘裕都说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了他们的密谋，第二天一早便向桓玄告发了此事。桓玄又惊又怕，封刘迈为重安侯，不久又嫌刘迈没有抓住周安穆，让他得以逃走，于是杀了刘迈。同时还诛杀了王元德、辛扈兴、童厚之等人。桓玄召集桓谦、卞范之等人谋划抵御刘裕。桓谦等人说：“赶快派兵攻打他们。”桓玄说：“不行。他们的军队行动迅速而且精锐，抱着必死的决心。如果派水军去，不足以与之抗衡；一旦有闪失，那他们的气势就会形成而我们的事情就失败了！不如把大军驻扎在覆舟山等待他们。他们白白行军二百里，却毫无办法，锐气已经受挫，等他们到了，突然看见大军，必定惊恐万分。我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交锋。他们求战不得，自然就会散去。这是上策。”桓谦等人坚持请求出兵，桓玄才派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北上抵御起义军。桓玄自从听说起义军兴起，忧愁恐惧，毫无办法。有人说：“刘裕等人兵力非常薄弱，怎么能成事，陛下为什么如此忧虑！”桓玄说：“刘裕足以成为一代英雄，刘毅家中没有一石粮食的储备，赌博时却敢一掷百万；何无忌是刘牢之的外甥，非常像他舅舅。他们一起举大事，怎么能说不会成功。”
众人推举刘裕为盟主，向京城发布檄文，说：
治乱相互依存，常理并非总是太平，狡猾之人肆意作恶，有时也会遇到圣明之世。自从我们大晋以来，灾难多次降临。隆安年间以来，皇室灾祸不断。忠臣死于虎口，贞良之士被豺狼残害。逆臣桓玄，欺凌虐待百姓鬼神，在荆郢一带拥兵自重，在都城肆意暴虐。上天不降灾祸，桓玄的凶势日益壮大，一年之内，就颠覆了皇室的统治。主上被迫流亡，流落他乡；国家政权沦陷，宗庙被毁。夏朝君主遭遇寒浞、寒豷，汉朝遭受王莽、董卓之乱，与桓玄相比，都不足以形容其危害。自从桓玄篡逆以来，至今已有一年，长时间大旱，百姓毫无生机。再加上士人和百姓因转运物资而疲惫，文武官员因大兴土木而困乏，父子分离，家庭离散，岂止是像《诗经·大东》中所说的有织女劳而无获的悲哀，《诗经·摽有梅》中所说的女子青春易逝的感慨而已！仰观天文，俯察人事，这样的情况如果能长久，还有什么情况能导致国家灭亡！但凡有良知的人，谁能不愤怒叹息。这就是我刘裕等人痛心疾首、坐立不安的原因。因此我们日夜谋划，扶持奖励忠烈之士，暗中筹划艰难，危险超过踩在老虎背上。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等，忠烈之心坚定不移，精诚可贯白日，拿起武器，奋勇而起，立志拼死一战。益州刺史毛璩，远在万里之外与我们齐心，扫平荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，在寻阳安置行宫。镇北参军王元德等，都率领部下，占据石头城。扬武将军诸葛长民，收集义士，已经占据历阳。征虏参军庾赜之等，暗中联络，作为内应。大家齐心协力，各地纷纷响应，当天就斩杀了伪徐州刺史安城王桓修、青州刺史桓弘的首级。义兵已经聚集，文武官员奋勇争先，都认为如果没有统一的指挥，事情就无法成功。我刘裕推辞不过，于是总领军事要务。希望上靠祖宗的英灵，下尽义士的力量，消灭逃亡的叛逆，荡涤京城。各位公侯，有的世代树立忠贞之名，有的自身享受爵位恩宠，却都对狡猾的小人俯首称臣，无法报效国家，环顾四周，难道不感到悲哀吗！今天的行动，正是好时机。我刘裕才疏学浅，才能比不上古人，在国家衰败之际顺势而起，在国运倾颓之时接受重任。赤诚之心尚未表明，感慨愤激，仰望云霄而长久心怀壮志，眺望山川而更加激励自己。发布檄文之日，心神已飞驰到贼寇的朝廷。
刘裕任命孟昶为长史，让他总管后方事务；檀凭之为司马。百姓愿意跟随的有一千多人。三月戊午初一，刘裕在江乘遭遇吴甫之。吴甫之是桓玄的猛将，他的士兵非常精锐。刘裕亲自手持长刀，大声呼喊着冲向敌军，众人纷纷溃败，当即斩杀了吴甫之。继续进军到罗落桥，皇甫敷率领数千人迎战。宁远将军檀凭之和刘裕各率领一队人马，檀凭之战败被杀，他的部众纷纷退散。刘裕继续进攻，战斗意志愈发强烈，前后奋力拼杀，很快就将敌军击溃，斩下了皇甫敷的首级。当初，刘裕和何无忌等人共同谋划大事时，有善于看相的人说刘裕和何无忌等人都会大富大贵，应验的时间很近，唯独说檀凭之没有富贵之相。刘裕和何无忌私下里说：“我们既然一起做事，按道理不该有差别。我们这些人都能富贵，那檀凭之不应该独独例外。”他们对看相者的话深感不解。到这时檀凭之战死，刘裕知道起义之事必定会成功。
桓玄听说皇甫敷等人都战死了，更加恐惧，派桓谦驻扎在东陵口，卞范之驻扎在覆舟山西，兵力共有两万。己未日清晨，义军吃完饭后，丢弃了剩余的粮食，进军到覆舟山东面，让一些乞丐在山上插上旗帜，作为疑兵；桓玄又派武骑将军庾祎之，配备精锐士兵和锋利兵器，协助桓谦等人。刘裕身先士卒冲向敌军，将士们都拼死作战，无不以一当百，呼喊声惊天动地。当时东北风刮得很急，刘裕便下令放火，浓烟烈焰遮天蔽日，战鼓呐喊声震动京城。桓谦等各路军队，顿时土崩瓦解。桓玄起初虽然派出军队布阵，但逃走的心意已决，另外派领军将军殷仲文在石头城准备船只，随后带着子侄乘船向南逃走。庚申日，刘裕镇守石头城，设立留台，总管百官事务，在宣阳门外烧毁了桓温的神主牌位，制作晋朝新的神主牌位，安放在太庙。派遣各位将领追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接晋安帝。司徒王谧和众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞。于是让王谧担任录尚书事，兼任扬州刺史。接着众人推举刘裕为使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
在此之前，朝廷延续晋朝的混乱政治，各个部门放纵松弛，桓玄虽然想要整顿，却没人听从。刘裕以身作则，首先严格约束宫廷内外，百官都严肃认真地履行职责。短短两三天，社会风气就大为改变。而且桓玄虽然凭借雄豪之气被众人推崇，一下子就登上了皇帝之位，晋朝各地的州郡长官和朝廷大臣，都尽心侍奉他，君臣的名分已然确定。刘裕在朝廷中地位低微，手下没有一兵一卒，却能在民间振臂而起，倡导大义恢复晋朝皇室的统治。因此王谧等在当时有威望、受民众仰望的人，没有不感到惭愧并且畏惧他的。
诸葛长民误了约定日期没能按时起兵，被刁逵抓住押送，还没送到桓玄那里，桓玄就已经战败。桓玄经过寻阳，江州刺史郭昶之准备了皇帝的车驾、仪仗器物资助他。桓玄收拢聚集了两千多人，挟持着晋安帝逃到江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领各路军队追击讨伐。尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江南的名门望族。王绥年少时就有很高的名声，因为刘裕出身平民，对他十分轻视怠慢。王绥是桓氏的外甥，心里也对刘裕有所疑虑。刘裕将他们全部诛杀。四月，尊奉武陵王司马遵为大将军，秉承皇帝旨意行事，大赦天下，只有桓玄一族不在赦免之列。
当初，刘裕家境贫寒，曾经欠下刁逵三万社钱，过了很久都没有办法偿还。刁逵催逼得很紧，王谧到刁逵那里见到了被拘押的刘裕，私下里替他还了钱，刘裕因此得以释放。刘裕当时声名低微、地位低下，那些名流显贵都不与他交往，只有王谧与他结交。桓玄准备篡位的时候，王谧亲手解下晋安帝的玉玺和绶带，成为桓玄的佐命功臣。等到刘裕举起义旗，众人都认为王谧应该被诛杀，只有刘裕保护他。刘毅曾经在朝会时，问王谧玉玺和绶带在哪里，王谧更加恐惧。等到王愉父子被诛杀，王谧的堂弟王谌对王谧说：“王驹没有罪过，却因为义军兴起而被诛杀，这是剪除比自己强的人，来断绝民众的期望。兄长你既然是桓玄的党羽，名声和地位又这样高，还想求得免罪吗？”王驹是王愉的小字。王谧害怕了，逃到曲阿。刘裕写信给大将军司马遵，极力为王谧担保，把他迎接回来恢复职位。光禄勋卞承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀役使官府的人，被御史中丞王祯之纠察弹劾，他们回复的奏笺言辞充满怨恨和愤怒。卞承之到有关部门自首。刘裕给大将军写信说：“褚粲等人身为大臣，有想法就应该全部说出来，如果认为执法不公正，自然应该依据道理陈诉，却无端地产生怨恨愤怒，归罪于有关部门，应该加以裁决处置，来整肃风气规范。”于是将他们都免了官。
桓玄哥哥的儿子桓歆，聚集人马向历阳进发，刘裕命令辅国将军诸葛长民将他击退。何无忌、刘道规在桑落洲击败桓玄的大将郭铨等人，各路军队进军占据寻阳。朝廷加封刘裕为都督江州诸军事。桓玄回到荆郢之后，大量聚集军队，召集水军建造楼船和器械，率领两万人，挟持着晋安帝从江陵出发，顺江东下，与冠军将军刘毅等人在峥嵘洲相遇，各路军队向下进攻，大败桓玄。桓玄丢弃部众，再次挟持晋安帝回到江陵。桓玄的党羽殷仲文护送晋朝的两位皇后回到京师。桓玄到了江陵，接着向西逃走。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产护送晋安帝进入南郡府。当初，征虏将军、益州刺史毛璩，派堂孙毛祐之与参军费恬送弟弟的灵柩东下，有两百人的队伍。毛璩弟弟的儿子毛修之当时是桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄进入蜀地。到了枚回洲，费恬和毛祐之迎上去射箭攻击桓玄。益州督护冯迁斩下桓玄的首级，传送到京师，又在江陵的集市上斩杀了桓玄的儿子桓升。
当初，桓玄在峥嵘洲战败，起义军认为大事已经告成，追击的速度不紧。桓玄死后将近十天，各路军队还没有到达。桓玄的侄子桓振逃到华容的涌中，招集了几千叛逆党羽，清晨袭击江陵城，居民竞相出城响应。王腾之、王康产都被杀害。桓谦先前藏在沮川，也聚集人马响应桓振。桓振为桓玄发丧，设立灵堂。桓谦率领众官员将玉玺绶带给晋安帝。何无忌、刘道规到达江陵后，与桓振在灵溪交战。桓玄的党羽冯该又在杨林设下埋伏，起义军战败逃跑，退回寻阳。兖州刺史辛禺怀有二心。恰逢北青州刺史刘该反叛，辛禺请求征讨刘该，驻扎在淮阴时，他又反叛了。辛禺的长史羊穆之斩杀了辛禺，将他的首级传送到京师。十月，刘裕兼任青州刺史。可以率领一百名披甲执仗的卫士进入宫殿。
刘毅等各路军队又进军到夏口。刘毅攻打鲁城，刘道规攻打偃月垒，都攻克了。十二月，各路军队进军平定巴陵。义熙元年正月，刘毅等人到达江津，打败桓谦、桓振，江陵被平定。晋安帝得以复位。三月，晋安帝从江陵回到京城。朝廷下诏说：
自古以来，人们认为最大的是天地，其次是君臣，因此排列与日、月、星对应，神与人依次有序，想来道理源于混沌初开，而气运历经万世。所以兴衰交替，四时变化尽显其中；王道有时昏昧，忠贞贤能之士拯救危难。这就是天命能够长久稳固，人心能够和睦的原因。即使夏朝、周朝中途倾颓，依靠靡、申的功绩得以延续；王莽、王伦篡位窃国，实在是靠二代人的努力才得以维系。有的凭借资历称号，有的在不同时代成就大业，仍然被《诗经》《尚书》歌颂，被史书当作美谈。从来没有像现在这样，因心怀百姓而安抚民众，诚心引发正义，在国家沉沦之际挽救国统，如此盛大的功绩。朕资质浅薄，遭遇国家不幸，自从遭遇忧患，正逢国家陷入绝境。逆臣桓玄，趁机放纵邪恶，穷凶极恶，肆意暴虐，罪恶滔天，扰乱华夏。竟然欺骗人神，肆意篡权作乱。祖宗的基业被毁坏，七庙的祭祀全部断绝，那种危急程度，即使说像坠入深渊山谷也不足以形容。
晋朝皇统有继，上天降下英才，使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史刘裕，忠诚如同日月，神武为当世之冠，因而能够与正义之士齐心合力，义士纷纷响应。所以正义之声一呼，四海为之波澜壮阔；英雄之风传扬，皇宫得以清除阴霾。还有冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，战船旗帜迅速推进，元凶桓玄首级被传送；回师挥戈，荆、汉地区的贼寇被一扫而空。使宣、元二帝开创的国祚，在嵩山、泰山般稳固；倾颓的基业得以重建，皇位再次回到朕的身上。宗庙享受长久的福佑，皇基融入新的天命。追念功绩德行，朕将永远铭记。刘裕的功绩道义已然超越开天辟地以来的一切，千古独绝，自有文字记载以来，从未听说过。虽然他的功劳至高无上，道理深奥难以尽述，但尊崇功臣、任命贤德，是圣明君王首先要做的，因为这关系到弘扬大道、治理国家，与国家盛衰息息相关。所以伊尹、吕望接受特殊的赏赐，齐桓公、晋文公享受完备的礼仪，何况刘裕立下的非凡功绩，远超百代，应该给予极高的名位，来彰显国家的兴盛。而镇军将军刘裕内心谦虚，多次真诚表达辞让之意。朕若勉强违背他的意愿，反而更能彰显他的美德。镇军将军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史的职位依旧保留。在大国彰显荣耀，开拓疆土。
刘裕坚决辞让；朝廷又加封他为录尚书事，他还是不接受，多次请求回到藩地。晋安帝不答应，派百官敦促劝进，又亲自前往刘裕的府邸。刘裕惶恐不安，到皇宫陈述请求，晋安帝无法改变他的想法。当月，刘裕回到丹徒镇守。晋安帝再次派大使敦促劝进，他还是不接受。于是改授他为都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，加上之前的共十六州诸军事，原来的官职不变。于是刘裕接受任命，解除青州刺史之职，加领兖州刺史。
卢循渡海攻破广州，俘获刺史吴隐之。朝廷便任命卢循为广州刺史，任命他的同党徐道覆为始兴相。义熙二年三月，刘裕都督交、广二州军事。十月，刘裕上奏说：“过去上天降祸于皇室，大奸贼桓玄肆意篡权，臣等身为晋朝旧臣，往日承蒙国家恩典，对上契合正义诚信的符命，对下激发臣子的义愤，虽说靠的是社稷神灵的护佑，但也是众人齐心协力的结果。那些辅佐、奖励忠诚勤勉的臣僚，文臣武将竭尽全力之人，全都秉持谦逊退让的态度，这却有损国家体制的庄重，所以臣便统领众军先行上奏，一同参与起义的人，最初平定京口、广陵二城。臣及抚军将军刘毅等二百七十二人，随后赶赴京城参与义举，沿途历经大战，如今剩下一千五百六十六人。还有辅国将军诸葛长民、已故给事中王元德等十人，所部各有一千八百四十八人，恳请正式论功行赏。西征的各路军队，待统计完毕后再陆续上奏。”于是尚书奏请封倡导起义的主谋、镇军将军刘裕为豫章郡公，食邑万户，赏赐绢三万匹。其余人等也各有不同的封赏。镇军将军府的佐吏，级别比已故太傅谢安府的佐吏低一等。十一月，晋安帝再次重申之前的任命，加封刘裕为侍中，进号为车骑将军、开府仪同三司。刘裕坚决辞让。晋安帝下诏派百官敦促劝进。义熙三年二月，刘裕回到京城，准备前往廷尉请罪；晋安帝事先诏令狱官不得受理，刘裕到皇宫陈述辞让之意，才被允许。之后他又回到丹徒。
闰月，镇军将军府将领骆冰图谋作乱，即将被逮捕时，单人匹马逃走，被追上斩杀。他的父亲永嘉太守骆球也被诛杀。骆球原本是东阳郡的属吏，孙恩之乱时，在长山起义，所以被提拔任用。当初，桓玄战败后，因桓冲忠贞，便任命桓冲的孙子桓胤为官。此时骆冰图谋拥立桓胤为主，与东阳太守殷仲文暗中勾结。于是朝廷诛杀了殷仲文及其两个弟弟。至此，凡是桓玄的余党，全都被诛杀殆尽。
晋安帝派兼太常葛籍授予刘裕策书说：“有扈氏罪恶滔天，后羿趁机作乱，破坏秩序、触犯纲纪，实在是扰乱了皇室的统治。贼臣桓玄，依仗恩宠肆意叛逆，竟妄图摧毁华山、霍山，颠覆嵩山、泰山，五岳既被夷平，天地为之变色。您是举世罕见的英雄，韬光养晦等待时机，心怀忠诚与敬意，发誓要洗雪国耻。感慨于国家的衰败，日夜心怀赤诚。然而时光流逝，皇位已被篡夺，您的忠孝之情虽深埋心底，却能贯通天地人三界。于是您把握关键时机，全面施展谋略，向苍天申诉以求正义，挥师义旅一路前行；冲锋陷阵锐不可当，气势犹如闪电，百万敌军无法抵挡，攻城略地一往无前。最终使桓玄这头巨鲸覆灭，在江汉之地曝尸示众，朝廷谋略深远，再次荡涤了妖氛，天地得以廓清，日月星辰重放光芒，此事成就了千秋伟业，功劳超过开天辟地以来的一切，道理微妙难以用言语表述，大义深深感动朕心。倘若只是以道义助人，尚且会授予爵位，何况您德行深厚、功勋盖世，冠绝天人呢！因此建立这个封国，使您的福泽如山河般长久，朕常常思念，觉得这样都不足以报答您。去吧，敬慎行事！希望您辅佐朕，长久地辅佐晋朝，让您的风范流传后世，光辉永垂不朽。请接受这美好的策命，回应朕的旨意。”十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
义熙四年正月，朝廷征召刘裕入朝辅政，授予他侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史等旧职照旧。刘裕上表请求解除兖州刺史一职。在此之前，朝廷派冠军将军刘敬宣讨伐蜀地贼寇谯纵，无功而返。九月，因刘敬宣战败退回，刘裕请求退位，朝廷没有批准。于是他被降为中军将军，开府依旧。
当初，伪燕王鲜卑人慕容德在青州僭越称帝，慕容德死后，他哥哥的儿子慕容超继承王位，前前后后多次成为东晋边境的祸患。义熙五年二月，慕容超大肆劫掠淮北地区，俘虏了阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱赶掳掠了一千多户人家。三月，刘裕上表朝廷，请求北伐，朝廷派丹阳尹孟昶监理中军将军府留守事务。四月，水军从京都出发，逆淮河而上进入泗水。五月，抵达下邳，留下船舰和军用物资，步兵进军琅邪；所经过的地方都修筑城池并派人留守。鲜卑人在梁父、莒城的两处戍守部队都逃走了。慕容超听说东晋的军队即将到来，他的大将公孙五楼劝慕容超说：“应该占据大岘山截断晋军道路，铲除粟苗，坚壁清野来等待晋军。他们是从外地来的军队，没有物资补给，求战又不能如愿，不出一个月，就可以轻易地打败他们。”慕容超没有听从，说：“他们远道而来，疲惫不堪，势必不能长久。只要把他们放进大岘山，我用精锐的骑兵践踏他们，不愁不能打败他们。哪有预先铲除庄稼，先削弱自己的道理呢！”当初，刘裕即将出征的时候，议事的人认为贼军听说大军远道而来，一定不敢迎战。如果不截断大岘山的道路，就会坚守广固城，铲除粟苗，坚壁清野，来断绝我军的物资供应，这样不但难以成功，恐怕连退兵都做不到。刘裕说：“我已经考虑得很成熟了。鲜卑人贪婪，没有长远的打算，前进时贪图胜利和缴获，后退时又舍不得庄稼。他们认为我们孤军深入，不能持久作战，不过是前进占据临朐，后退坚守广固。我一旦进入大岘山，士兵就没有后退之心，驱使抱着必死决心的士兵，去攻打怀有二心的敌人，还担心不能取胜吗！我向你们保证，他们不会坚壁清野、坚守城池。”刘裕进入大岘山后，举手指着天说：“我的大事要成功了！”
六月，慕容超派公孙五楼和广宁王贺赖卢先去占据临朐城。听说东晋大军到了之后，留下老弱士兵守卫广固，其余的人全部出城。临朐有巨蔑水，离城四十里，慕容超告诉公孙五楼说：“赶紧去占据那里，晋军得到水源，就难以攻打了。”公孙五楼快速进军。龙骧将军孟龙符率领骑兵在前面，奔过去争夺水源，公孙五楼才退回去。东晋大军步行前进，有战车四千辆，把战车分为两翼，两车并行缓慢前进，战车上都张挂着幔帐，驾车的人手持长矛，又派轻骑兵作为流动部队。军令严肃，队伍整齐。离临朐还有几里地的时候，贼军的一万多精锐骑兵，前后相继赶到。刘裕命令兖州刺史刘藩、弟弟并州刺史刘道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等人，合力攻击。太阳快要偏西的时候，刘裕派谘议参军檀韶直接奔赴临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡藩飞奔而去，当天就攻陷了临朐城，拔掉了贼军的军旗，缴获了慕容超的全部辎重。慕容超听说临朐已经被攻克，率领部众逃走。刘裕亲自击鼓助威，贼军于是大败而逃。慕容超逃回广固。晋军缴获了慕容超的战马、伪皇帝的车辇、玉玺、豹尾等，送到京城；斩杀了慕容超的大将段晖等十多人，其余被斩杀和俘虏的数以千计。第二天，大军进军广固，攻下了外城。慕容超退守内城。于是刘裕设置长围来围困他，围墙高三丈，外面挖了三道壕沟。停止从江淮地区转运物资，在齐地就地取粮。安抚接纳投降归附的人，汉族和少数民族都很高兴；选拔有才能的人授予爵位，任用他们。七月，朝廷下诏加封刘裕为北青、冀二州刺史。慕容超的大将垣遵、垣遵的弟弟垣苗都率领部众归顺。刘裕正在制造攻城器械，城上的人说：“你们得不到张纲，能有什么办法。”张纲是慕容超的伪尚书郎，这个人很有巧思。恰逢慕容超派张纲向姚兴称藩，请求援兵救援。姚兴假装答应，实际上害怕刘裕，不敢派兵。张纲从长安回来，泰山太守申宣抓住他并押送给刘裕。于是把张纲放在楼车上，让城内的人看，城内的人没有不失色的。于是让张纲大力制造攻城器械。慕容超求救没有成功，张纲反而被俘虏，越发忧虑恐惧，于是请求称藩，请求以大岘山为界，割让土地，献上一千匹马。刘裕不答应，围困得更加紧急。黄河以北的居民扛着兵器、背着粮食前来投奔的，每天数以千计。
录事参军刘穆之，有筹划治理的才能，刘裕把他当作主要谋士，一举一动都必定向他咨询。当时姚兴派使者告诉刘裕说：“慕容氏和我是友好邻邦，又因处境困窘向我告急，如今我将派遣十万精锐骑兵，直接占据洛阳。晋军如果不撤退，我就会派铁骑长驱直入。”刘裕叫来姚兴的使者，答复道：“告诉你们的姚兴，我平定燕国之后，休兵三年，就会平定关中、洛阳。他要是能自己送上门来，就赶紧来！”刘穆之听说有羌人的使者来，急忙赶来，可刘裕已经把使者打发走了。刘裕把姚兴的话以及自己的答复，都详细地告诉了刘穆之。刘穆之埋怨刘裕说：“平日里无论事情大小，您必定和我商量。这件事应该好好斟酌，怎么能仓促地就答复了呢？您答复姚兴的话，不能威慑敌人，只会激怒他罢了。要是燕国还没攻下，羌人的救兵突然到来，不知道您要怎么应对？”刘裕笑着说：“这是用兵的机密，不是你能理解的，所以没告诉你。用兵贵在神速，他们要是真能派救兵，必定怕我们知道，怎么会先派使者来传达消息。这不过是他们见我讨伐燕国，心里已经害怕，自己虚张声势的话罢了。”九月，朝廷进封刘裕为太尉、中书监，刘裕坚决推辞。伪徐州刺史段宏之前逃奔到北魏，十月，从黄河北岸前来归顺。
张纲制造攻城器械完工，设计了各种奇妙精巧的装置，如飞楼、木幔之类，无一不备。城上用来防御的火石、弓箭，都派不上用场。义熙六年二月丁亥日，刘裕攻克广固城，进行屠城。慕容超越城逃走，被征虏贼曹乔胥抓获，刘裕杀掉了慕容超手下王公以下的官员，俘获民众一万多，战马两千匹。把慕容超押送到京城，在建康街市斩首。
刘裕北伐的时候，徐道覆仍然有觊觎东晋的心思，劝卢循趁虚而出，卢循没有听从。徐道覆于是到番禺劝说卢循道：“我们原本住在岭南，难道是觉得这里就是归宿了吗？只是因为刘裕难以抗衡罢了。如今他正把军队驻扎在坚固的城池之下，短时间内回不来。用这些渴望回乡的敢死之士，去突袭何无忌、刘毅这些人，易如反掌。不趁这个机会，却只求一时的安稳，等刘裕平定齐国之后，稍作休整，不过一两年间，朝廷必定会下诏书征召您。要是刘裕亲自率领大军到豫章，再派精锐部队越过山岭，就算将军您再神勇，恐怕也抵挡不住。今天这个机会，千万不能错过。一旦攻克都城，颠覆了他们的根基。刘裕就算回来，也无能为力了。”卢循听从了他的建议，于是率领部众越过山岭。当月，进犯南康、庐陵、豫章，各郡太守纷纷弃城逃走。当时平定齐国的消息还没传到朝廷，朝廷立即派使者征召刘裕。刘裕刚刚攻克齐国的时候，本想驻扎在下邳，清理荡平河洛地区，不久征召他的使者到了，当天就班师回朝。
镇南将军何无忌与徐道覆在豫章交战，战败，何无忌遇害，朝廷内外震惊恐慌。朝廷打算护送晋安帝向北逃去投奔刘裕，不久得知贼军确实还没到，人心才稍微安定。刘裕到了下邳，用船运送军用物资，自己率领精锐部队步行返回。到了山阳，听说何无忌遇害，担心京城失守，就轻装急行，和几十个人赶到淮河边，向行人打听朝廷的消息。有人说：“贼军还没到，刘公要是回来，就没什么可担忧的了。”刘裕非常高兴，独自乘船过江，径直赶到京口，众人这才大为安心。四月癸未日，刘裕回到京城，解除戒严，让士兵休息。
抚军将军刘毅上表请求南征，刘裕给他写信说：“我过去常常攻打贼寇，了解他们的变化态势，他们刚获得一些好处，士气正盛，锋芒不可轻视。应该等装备准备齐全，我和你一同出征。”又派刘毅的堂弟刘藩前去劝阻他。刘毅不听，率领两万水军，从姑孰出发。卢循刚开始南下的时候，派徐道覆前往寻阳，自己进犯湘中各郡。荆州刺史刘道规派兵到长沙，被卢循打败。卢循直接打到巴陵，准备向江陵进军。徐道覆听说刘毅率军前来，急忙派人报告卢循说：“刘毅的兵力非常强盛，成败就在此一举，我们应该合力打败他。如果这次能够取胜，天下就没有什么可担忧的事了。根基稳固之后，就不愁不能平定朝廷。”卢循当天就从巴陵出发，与徐道覆的军队连旗而下。他们还有八艘艚舰，每艘起四层，高十二丈。刘裕因为南方藩镇覆没，上表请求交还官职印绶，朝廷下诏不允许。五月，刘毅在桑落洲战败，弃船步行逃走，其余没能逃脱的士兵，都被贼军俘虏。当初，卢循到寻阳，听说刘裕已经返回，并不相信。打败刘毅之后，才确定刘裕凯旋的消息，众人面面相觑，大惊失色。卢循想退回寻阳，进而平定江陵，占据荆、江二州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直接进军，坚决争辩。两人争议了好几天，卢循才听从了他的建议。
刘毅战败的消息传来，朝廷内外一片骚乱。当时北伐的军队刚刚返回，很多人都受伤患病。京城里的战士，不足数千人。贼军打败江、豫二镇之后，有战士十多万，战船车辆绵延百里不绝。战败逃回来的人，都说贼军气势强盛。孟昶、诸葛长民害怕贼寇逐渐逼近，想护送晋安帝过江，刘裕不同意，孟昶坚持请求不停。刘裕说：“如今重要的藩镇在外倾覆，强大的贼寇在内部进逼，人心惶惶，没有坚定的意志。如果一旦迁都，就会自行瓦解，土崩瓦解，江北又怎么能到达！就算到了江北，也不过是多拖延些时日罢了。如今士兵虽然少，但足以一战。如果能够取胜，那么君臣同享太平；如果厄运必定降临，我会以死保卫国家，横尸在宗庙门前，实现我一直以来以身报国的志向，不能远远地逃窜到草野之间苟且偷生。我的主意已定，你不要再多说了！”孟昶担心不能取胜，于是写了一份表章说：“臣刘裕北伐，众人意见不一，只有臣赞同刘裕的计划，致使强贼趁机而入，国家危急，这是臣的罪过。如今我甘愿受死，以谢天下。”封好表章后，就服毒自杀了。
于是朝廷大力悬赏招募士兵，投身报国的人，待遇等同于登上京城城墙作战的标准。征发百姓修筑石头城，树立军旗，戒严。当时议事的人认为应该分兵把守各个渡口要道。刘裕却认为：“贼众我寡，如果分兵屯守，就会让人探测到我们的虚实。而且一旦一处失利，就会挫伤三军的士气。如今把兵力集中在石头城，根据情况随时应对，既能让贼寇无法探测我们兵力的多少，又能使兵力不分散。等兵力逐渐集结，再慢慢商议下一步行动。”于是移兵驻扎到石头城，在淮河设置栅栏，阻断查浦。不久贼军大批到来，刘裕分析说：“贼军如果从新亭径直进军，他们的锋芒不可抵挡，我们应该暂且回避，胜负还难以预料；如果他们回军停泊在西岸，就一定会被我们擒获。”
徐道覆想从新亭、白石一带焚毁船只上岸进攻。卢循生性多疑，优柔寡断，常常想着要万无一失，他对徐道覆说：“大军还没到，孟昶就望风自杀了，从大势来看，敌人自然会在短时间内崩溃混乱。如今要在一朝一夕间决定胜负，这不是稳妥的办法，而且还会杀伤士兵，不如按兵不动，等待时机。”当时刘裕登上石头城瞭望卢循的军队，刚开始看到他们向新亭方向进军，刘裕回头看看身边的人，脸色都变了；不久他们又回军停泊在蔡洲。徐道覆仍然想上岸进攻，卢循阻止了他。从此，东晋各路军队逐渐集结，修筑越城，建造查浦、药园、廷尉三座营垒，都安排充足的兵力把守。冠军将军刘敬宣驻扎在北郊，辅国将军孟怀玉驻扎在丹阳郡西边，建武将军王仲德驻扎在越城，广武将军刘怀默驻扎在建阳门外。刘裕让宁朔将军索邈率领一千多匹披挂铠甲的鲜卑虎斑突骑，这些骑兵都身披五彩的战甲，从淮北赶到新亭。贼军都聚集观看，都很畏惧他们；但他们仍然希望京城和三吴地区有人起来响应他们。卢循派了十多艘战舰来拔除石头城的栅栏。刘裕命令用神弩射击，每发必摧毁敌舰，卢循于是停止行动，不再进攻栅栏。卢循在南岸设下伏兵，让老弱残兵都乘坐舟舰向白石进发。刘裕担心他们从白石上岸步行进攻，就率领刘毅、诸葛长民向北出兵抵御，留下参军徐赤特戍守南岸，命令他坚守阵地，不要轻举妄动。刘裕离开后，贼军焚毁查浦上岸，徐赤特的军队战败，战死和失踪的有一百多人。徐赤特抛弃剩余的士兵，独自乘船渡过淮河，贼军于是率领几万人驻扎在丹阳郡。刘裕率领各路军队疾驰返回，众人担心贼军会越过防线，都认为刘裕应该直接回去迎战，刘裕却先分兵回到石头城，众人都不明白他的意图。刘裕让士兵解下铠甲休息，洗澡吃饭，然后出城在南塘列阵。因为徐赤特违背了命令，刘裕将他斩首。命令参军诸葛叔度、朱龄石率领一千多名勇猛的士兵渡过淮河。贼军有几千人，都拿着长刀和长矛，穿着的精良铠甲在阳光下闪耀，奋勇跳跃着争相前进。朱龄石所率领的士兵大多是鲜卑人，擅长使用长矛，他们列阵等待贼军。贼军的短兵器无法抵挡，死伤了几百人，于是后退逃走。恰逢天色已晚，东晋军队也返回了。
刘毅战败的时候，豫州主簿袁兴国反叛，占据历阳响应贼军。琅邪内史魏顺之派将领谢宝前去讨伐并斩杀了袁兴国。袁兴国的司马袭击谢宝，魏顺之没有救援就撤退了，刘裕大怒，将他斩首。魏顺之是魏咏之的弟弟。从此，功臣们都受到震慑，没有人敢不效命。六月，朝廷再次授予刘裕太尉、中书监的职位，加授黄钺。刘裕接受了黄钺，其他的职位坚决推辞。朝廷任命司马庾悦为建威将军、江州刺史，从东阳出兵前往豫章。七月庚申日，贼军从蔡洲向南逃走，回到寻阳驻扎。刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追击他们。刘裕回到东府，大力整治水军，建造的都是大型战舰和多层楼阁，高的有十多丈。卢循派他的大将荀林进犯江陵，桓谦之前在江陵逃奔到羌人那里，又从羌人地区进入蜀地，伪主谯纵任命他为荆州刺史。桓谦以及谯道福率领两万军队，出兵进犯江陵，正好与荀林会师，相距一百多里。荆州刺史刘道规在枝江斩杀了桓谦，在江津打败了荀林，追击到竹町，将荀林斩杀。当初，卢循逃走的时候，刘裕知道他必定会进犯江陵，立即派淮陵内史索邈率领骑兵从陆路增援荆州；又派建威将军孙季高率领三千人，从海路袭击番禺。江州刺史庾悦到达五亩峤，贼军派一千多人占据并阻断了峤道，庾悦的前锋鄱阳太守虞丘进进攻并攻破了贼军。刘裕整治军队，一切准备就绪。十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等水军向南讨伐。让后将军刘毅监理太尉留守府的事务，后方的事情都委托给他。这个月，徐道覆率领三万人进犯江陵。荆州刺史刘道规又大败贼军，斩首一万多级，徐道覆逃回盆口。当初，刘裕派遣索邈的时候，索邈在途中被贼军阻断了道路，徐道覆战败后才到达江陵。自从卢循东下，江陵与京城之间的消息断绝，传信的人都说江陵已经沦陷。等索邈到达，才知道卢循已经逃走。
卢循当初从蔡洲向南逃走时，留下他的亲信党羽范崇民带领五千人，以及一百多艘高大的战舰，驻守南陵。王仲德等人听说刘裕的大军即将到达，就进攻南陵。十一月，大败范崇民的军队，焚毁了他们的舟舰，收编了他的散兵。卢循在广州的守兵，没有把海路作为防御重点。这个月，建威将军孙季高从海上突然到达，广州城池高峻严整，守兵还有几千人。孙季高焚毁了贼军的舟舰，竭尽全力进攻，从四面攻打城池，当天就攻克并进行了屠城。卢循的父亲乘坐轻舟逃奔始兴。孙季高安抚当地的旧民，诛杀了卢循的亲党，整顿军队谨慎防守。当初，刘裕派遣孙季高的时候，众人都认为海路艰险遥远，必定非常困难；而且分散现有的兵力，并非当务之急。刘裕没有听从。他命令孙季高说：“大军在十二月之交，必定能打败贼寇。你此时应当到达广州，捣毁他们的巢穴，让贼寇在逃窜的时候，无处可归。”孙季高接受命令后出发，如期取得胜利。
卢循正在整治军队和舟舰，设置各种防御设施。刘裕想用长远的策略抵御他，于是把军队驻扎在雷池。贼军扬言不进攻雷池，要顺流直下。刘裕知道他们想要决战，而且担心贼军战败后，可能会从京江逃入大海，就派王仲德率领二百艘水舰在吉阳一带截断他们的退路。十二月，卢循、徐道覆率领几万人，战舰相连而下，前后相接，看不到舟舰的边际。刘裕出动全部轻便锋利的斗舰，亲自提着军旗和战鼓，命令各军齐心协力进攻；又派步兵和骑兵在西岸布防。右军参军庾乐生乘坐战舰却不前进，刘裕将他斩首示众，于是各军都踊跃争先。军中配备了很多万钧神弩，所到之处，贼军没有不被摧毁的。刘裕在江中心逼迫贼军，借着风水的形势，贼军的战舰都停泊在西岸，岸上的军队事先准备了火具，就投火焚烧贼舰。浓烟烈焰遮天蔽日，贼军大败，东晋军队追击到夜里才返回。卢循等人逃回寻阳。当初刘裕分派步军的时候，众人没有不感到疑惑奇怪的，等到焚烧贼舰时，众人才心悦诚服。刘裕召回王仲德，让他回来作为前锋，留下辅国将军孟怀玉守卫雷池。卢循听说大军前来，想要逃到豫章，于是竭尽全力设置栅栏阻断左里的道路。大军到达左里，即将开战，刘裕手中的指挥旗竿折断，旗帜落入水中，众人都感到奇怪和恐惧。刘裕笑着说：“往年在覆舟山之战时，旗竿也折断过；如今又出现这种情况，贼军必定会被打败。”随即进攻栅栏，向前推进。卢循的士兵虽然拼死作战，也无法阻挡。各军乘胜追击，卢循乘坐一艘小船逃走。被斩杀以及投水而死的贼军，共有一万多人。刘裕接纳投降归附的人，宽恕那些被逼迫的人。派刘藩、孟怀玉率领轻装部队追击卢循。卢循收拢散兵，还有几千人，直接逃回广州。徐道覆退回始兴据守。刘裕从左里返回，晋安帝派侍中、黄门侍郎到他的驻地慰劳军队。